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網絡貨運因為監管機制及其內部治理體系還不夠完善，網絡貨運很有可能異化為虛開的工具。因此，怎樣才能促進網絡貨運稅務合規，提升網絡貨運及其相關主體的監管是急需解決問題。
網絡貨運存在涉稅風險的商業模式主要包括以下幾種：
1、托運公司員工充當車隊長統一收付運費
出于資金安全等考慮，托運公司自行聯絡運輸車隊后，委任公司某員工作為車隊長在網絡貨運進行注冊并承接托運企業發布的運輸任務。車隊完成運輸任務后，各項運輸信息、數據上傳網絡貨運，平臺審核同意后將托運企業支付的運費扣除服務費后轉至車隊長個人賬戶，同時為托運公司開具增值稅專用發票。車隊長收到運費后再向實際運輸的各車主進行分配。
2、托運公司后補發票、運輸信息匹配錯亂
托運公司的運輸業務已完成、運輸報酬也支付完畢，但是由于個體司機無法開具增值稅專用發票給公司抵扣，因此客戶從網絡貨運“后補”發票。此時原個體司機已不可尋，因此客戶遂將其他車輛的信息、GPS軌跡、及虛假合同上傳網絡貨運并提供客戶私人賬戶收取平臺轉付運輸報酬。
3、物流企業向平臺“轉包”業務
部分物流企業承接工程隊、商貿公司的運輸業務，向其開具增值稅專用發票，但掛靠的個體車主不愿意為其代開發票，導致其向個體車主支付的報酬無法入賬做成本、也不能抵扣增值稅稅款，因此在開展業務過程中將運輸任務“轉包”至網絡貨運，讓掛靠的個體車主在網絡貨運注冊，并讓個體車主提供物流公司控制的個人銀行賬戶收取網絡貨運支付的運費。最后，物流公司取得網絡貨運開具的增值稅專用發票。
4、私卡收付運費造成“資金回流”
因為網絡貨運向司機支付報酬存在時間差，因此大多個體司機要求托運公司即時私人卡轉賬結算。為了防止重復付款，托運企業向網絡貨運統一提供私人卡接受報酬轉賬。此種情形下托運公司上傳的運輸信息均真實，但出現了“資金回流”現象，即托運公司公戶-網絡貨運公戶-托運公司私戶。
上述業務操作均立足真實的運輸業務，但是由于開票時間出現差異（候補發票）、開票信息錯亂、私戶轉賬等異常現象而容易被稅、警認定未發生真實的運輸業務，進而錯誤認定虛開。
網絡平臺以自身名義開票具備合法性
1、網絡貨運可以以自身名義向物流企業開票
實際業務操作過程中，有相當數量的傳統類型物流企業也從網絡貨運取得增值稅專用發票。據部分物流企業反映，個體司機掛靠企業完成了運輸任務，因為個體司機不向其代開發票而從網絡貨運/無車承運平臺取得發票。此種物流企業之間開、受發票的模式面臨著司法質疑。
總的來說，現行標準稅法、法律中沒有限制物流企業將其業務轉嫁給另一公司，而網絡貨運/無車承運平臺為物流企業開具9%發票合規的基礎仍是掛靠經營。事實上，原本掛靠在物流公司名下的個體司機被物流公司轉掛靠在網絡貨運名下，以平臺名義承接運輸任務并以平臺名義開具增值稅專用發票，符合國家稅務總局2014年第39號公告及其官方解讀的規定。
因為網絡貨運往往能享受到地方財政政策，繳納增值稅地方留存部分能夠全額返還/獎勵，因此盡管其接受掛靠為下游物流企業開具了9%發票，其稅負仍然可以得到合理控制。這就可以解釋為何網絡貨運可以收取較低的服務費而接受掛靠、承接業務并開票。對于這種通過地方財政政策減輕稅負的做法并未違反稅法規定，而且其聚攏稅源的效果明顯，為地方政府所鼓勵。
網絡貨運合規路徑構建
網絡貨運基于其行業屬性的不同，關系到眾多的配套業務和眾多的經營模式，在試點的兩年時間中暴露出的稅務風險需要引起足夠的重視，業務合規是網絡貨運的生命線，而發票風險是網絡貨運業務合規面臨的最大問題。
1.加強對網絡貨運涉稅信息的監管
完善網絡貨運用戶注冊制度及涉稅信息管理，從源頭上規范涉稅實際承運人信息的管理，建立實際承運人的稅收信息數據庫，通過大數據收集實際承運人的稅收信息，通過銀行的資金交易往來信息、物流貨運信息、發票信息等查證其真實交易；其次，要建立相應的涉稅信息監管機制，特別是在新稅收環境系統上線之后，對于其貨運的涉稅數據、發票抬頭、金額、名稱、數量、單價等實行全票面上傳，做到透明化稅源監控和征管。
2.加強對網絡貨運信息的監管
在實際運行中，交通主管部門應進一步建立和完善網絡貨運信息監測系統，實現與網絡貨運經營者信息平臺的有效對接，定期將監測數據上傳至交通運輸部網絡貨運信息交互系統，并及時傳遞給同級稅務部門。
3、培養經營者合規意識，建立內部規范的管理制度
網絡貨運的經營者，應實實在在地投入相應技術應用，保障網絡貨運的良性發展。網絡貨運經營者應有合規意識，經受得住誘惑，拒絕成為過票的工具。
