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湖北某物流有限公司（以下簡稱“A公司”），成立于2012年12年13日，經營范圍主要為城市配送運輸服務（不含危險貨物）、道路貨物運輸（不含危險貨物）、運輸貨物打包服務等。
2019年，某市稽查局對A公司2014-2017年的經營情況進行檢查，并要求調取賬簿等資料。因A公司的會計兼出納焦某與公司產生糾紛，拒不交出公司會計憑證及財務賬簿，因此A公司無法提供賬簿資料給稽查局，2019年8月該市稽查局作出《稅務處理決定書》以核定應稅所得率的方式對A公司核定2014-2017年企業所得稅稅額并加收滯納金，共計約230萬元。
2019年11月，因不服市稽查局作出的《稅務處理決定書》，A公司找到了財合稅專家團隊處理該稅務問題，財合稅專家團隊在了解了具體情況、梳理了相關材料后，向市局提起了行政復議。
根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第六條規定，“銷售額為納稅人銷售貨物或者應稅勞務向購買方收取的全部價款和價外費用，但是不包括收取的銷項稅額。”，增值稅銷售收入僅包括銷售貨物或應稅勞務。另根據《國家稅務總局關于企業所得稅核定征收若干問題的通知》（國稅函[2009]377號）第二條規定，“應稅收入額等于收入總額減去不征稅收入和免稅收入后的余額，其中，收入總額為企業以貨幣形式和非貨幣形式從各種來源取得的收入”。
應稅收入額是各項收入的總額，包括銷售收入、提供勞務收入、轉讓財產收入、股息紅利等權益性投資收益、利息收入、租金收入、特許權使用費收入及接受捐贈收入。顯而易見，增值稅銷售收入并不等于應稅收入額，兩者區別極大。
市稽查局在不能正確核算收入總額情況下，不能適用國稅發[2008]30號第四條，而是應適用國稅發[2008]30號第五條：（一）參照當地同類行業或者類似行業中經營規模和收入水平相近的納稅人的稅負水平核定，核定A公司的應納所得稅額。因此，市稽查局適用國稅發[2008]30號第四條核定應稅所得率核定企業所得稅明顯適用法律錯誤。
3、該處理決定書加收A公司2014及2015年度稅款滯納金，適用法律錯誤。
根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第五十二條規定，“因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金”。
在本案中，A公司2014及2015年度沒有申報企業所得稅，而2016及2017年度向稅務機關申報了企業所得稅。2014及2015年度，A公司發生企業所得稅納稅義務，但由于稅務機關沒有根據A公司的申請核定企業所得稅稅種，導致A公司無法申報企業所得稅。2016年3月1日，稅務機關核定了A公司企業所得稅稅種，A公司及時申報2016及2017年度企業所得稅。2014及2015年度，A公司在發生納稅義務時未在期限內辦理納稅申報是稅務機關的過錯導致的。因此，A公司2014及2015年少繳的稅款不應加收滯納金，而市稽查局依據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十二條，加收2014及2015年度稅款滯納金明顯適用法律錯誤。
4、2016及2017年度企業所得稅申報是根據實際情況進行申報，具有真實性，A公司不應補繳企業所得稅。
盡管A公司的會計憑證及財務賬簿因他人故意隱匿無法提供，每年費用無法正確核算，但通過運輸合同、生產日記表、增值稅發票及銀行支付憑證等資料，A公司完全可以合理推算出實際費用。事實上，A公司依據充分的證據，推算出2016年費用總額應為28,443,413.06元，其中車輛用油10,390,996.15元（有增值稅發票）、司機運費5,355,135.14元（有增值稅發票）、10,186,631.38元（有運輸合同、臺賬及銀行轉賬憑證）、車輛折舊456,908.83元（有購車發票）、維修費636,016.56元（有發票及收據）、財務費用207,345元（有合同）；2017年費用總額應為25,809,355.39元，其中車輛用油8,049,854.70元（有增值稅發票）、司機運費1,835,437.84元（有增值稅發票）、12,611,117.39元（有運輸合同、臺賬及銀行轉賬憑證）、車輛折舊837,599.73元（有購車發票）、維修費866,025.73元（有發票及收據）、財務費用388,490.00元（有銀行證明及利息明細表）。
再加上沒有資料證明的其他費用支出，A公司2016及2017年度實際經營情況與企業所得稅納稅申報表反映的經營情況是一致的，推算出的費用與企業所得稅申報的費用之間可以相互印證，2016及2017年度企業所得稅申報具有真實性，沒有虛假申報企業所得稅，因此，A公司不應補繳企業所得稅。
