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一、自然人代開發票
1、真實性的問題，不論是代開票或是正常的開票，都必須要由真實的相關業務存在，有相關的合同和協議、勞動成果等作為支撐，合同和協議、發票和流水記錄需要一致（三流一致）。
2、異地開票的問題，有一些應稅行為需要在業務發生地、服務提供地、貨物銷售地代開，像一些建筑服務、銷售或租賃不動產等行為，如果異地開票則認定為無效發票，不能夠進行稅前抵扣的。
3、代扣代繳的問題，如自然人代開發票是屬于勞務報酬所得、稿酬所得或特許權使用費所得，支付方須在付款時對該自然人的個稅進行代扣代繳，個人代開票環節不再征收個人所得稅；如果自然人代開的發票屬于個人經營所得，則代開票環節需要征收個人所得稅，稅款由開票方支付。（大多數情況都是代開的發票是屬于個人生產經營所得）
二、電商行業涉稅的問題
現如今互聯網時代，使用支付寶收取賬外收入是風險非常大的行為，因為一旦稅務局想查，這些賬外收入對于稅務局就是透明的。
線上電商平臺公司還很可能碰到以下場景：老板想，反正公司是自己開的，自己和家人平時的花銷，拿些到公司去報掉，也是理所當然的，還能作為日常費用沖賬，少交點所得稅，一舉多得；年末時候，因為業績不錯，今年盈利很高，但會計和老板匯報可能需交較高的所得稅，或是有些費用沒辦法拿到發票，不能體現在賬上，這時，老板可能便和員工說，到外面湊點發票回來報銷沖賬。
三、騙取留抵退稅的問題
自4月1日增值稅留抵退稅開始，相信已經有不少企業收到了退費，但隨之而來的也有大量的稽查案件被通報，皆因騙取留抵退稅。
常用的方式：
虛列進項，擴增留抵稅額
少記收入，逆增留抵稅額
關聯企業，轉嫁留抵稅額
進項轉出，暗增留抵稅額
優惠政策，疊加留抵稅額
四、資本交易涉稅的問題
資本交易的涉稅的問題一直是重點稽查領域，因為資本交易需要很專業的知識才能穩妥進行，資本的高門檻本身就導致了稅務風險的高發。
比如，注冊資本、民間借貸、企業關聯、買賣金融產品等，都暗含著比較復雜的稅務問題。
五、人力資源和勞務派遣公司涉稅的問題
人力資源和勞務派遣公司隨著靈活用工模式興起而發展迅猛，風險也就隨之而來。
比如，
一是勞務派遣員工的個稅代扣風險，這里面還需要分兩種情況（合同雙方）進行不同的分析；
二是虛列人員的風險，很多勞務派遣公司為了降低自己的稅費，會利用他人身份證虛列人員；
三是虛開發票的風險，通常表現為虛增勞務派遣服務金額，以此來享受優惠政策。
