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對于非稅務局或非稅務有關專業人員而言，稅務檢查與稅務稽查是一對易混的概念。許多企業會計人員對此沒什么感覺，認為大同小異，反正就是稅務局來審查企業是否有少繳稅，該該如何應對就該如何應對即可，但二者還真不是一回事。稅務檢查是稅務局依據稅收法規、法規對納稅人、扣繳義務人履行法定義務情況進行審查和監督，而稅務稽查是稅務局依法對納稅人、扣繳義務人履行納稅義務、扣繳義務情況進行稅務檢查和相應處理。事實上，稅務檢查和稅務稽查既有聯系也有區別，在性質、后果等方面也明顯不同，本文試從六個方面進行簡單分析。
一、執法主體
稅務檢查的主體是各級稅務局（稅務局、稅務分局、稅務所）和按照國務院規定設立并向社會公告的稅務局，稅務稽查的主體則只是省以下稅務局的稽查局。從主體范圍看，稅務檢查的主體更廣，包括了稽查局和其他稅務局。
二、執法對象和目的
稅務檢查的對象是在稅收征管活動中有特定義務或需要，或者在某一環節出現問題的納稅人和扣繳義務人，目的是加強征管，維護正常的征管秩序，及時發現和防止重大、特大案件的發生。稅務稽查的對象是涉嫌偷逃騙抗稅的納稅人和扣繳義務人，目的是查處稅收違法案件。二者的側重點不同，在流程環節所處的位置也有所不同。稅務檢查更側重于事前和事中的管理，而稅務稽查更側重于事后的查處。
三、執法依據
稅務檢查與稅務稽查都是依照“稅收法定”原則進行的執法活動，都要依據全國人大發布的稅收法規（例如《稅收征收管理法》）、國務院發布的稅收行政法規（例如《稅收征管法實施細則》）和國家稅務總局發布的一系列稅務部門規章進行。只是其中有的規章是稅務稽查專用的，例如《稅務稽查案件辦理程序規定》。總的來說，稅務檢查與稅務稽查的執法依據具有高度的同源性。
四、執法案源
稅務檢查的案件主要來源于在稅收征管各環節中對納稅人納稅情況的審查，或源于根據稅法或實際需要對納稅人納稅情況進行的檢查。而稅務稽查的案源既包括計算機選案、篩選或抽樣選案，也包括根據公民舉報、有關部門轉辦、上級交辦、情報交換資料確定的案件。可見，稅務檢查的案源貫穿于日常稅收征管活動中，而稅務稽查的案源多按計劃主動推進或被動受案。
五、執法程序
稅務檢查可根據稅收征管的實際需要隨時進行，方式靈活，程序簡單，合法即可。但稅務稽查必須按照選案、檢查、審理、執行四個環節進行，各環節相互分離、相互制約。兩相比較，稅務稽查專業性更強、要求水平更高。
六、執法權限
稅務違法行為既有納稅人偷稅、逃避追繳欠稅、騙稅、抗稅等性質比較嚴重甚至涉嫌犯罪的違法行為，也有納稅人未按規定辦理稅務登記、未按規定設置賬簿等性質較輕的一般違法行為。稽查局專司前者的查處，對后者沒有處罰權，后者只能由負責征管的稅務局、稅務分局、稅務所進行處罰。稅務檢查和稅務稽查的執法權限有明確的分工。
綜上，廣義的稅務檢查是可以包括稅務稽查在內的，二者是包含和被包含的關系。就狹義而言，稅務檢查可稱為管理型檢查，而稅務稽查則可稱為打擊型檢查。實務中，兩者常常是聯動的。例如，稅務檢查中發現有偷逃騙抗稅嫌疑的，應及時傳遞給稽查部門，為稽查部門提供案源；稅務稽查發現一般性違法問題，要及時傳遞給征管部門，以便征管部門及時采取措施加強管理，提高征管質量。
企業人員厘清稅務檢查與稅務稽查的聯系和區別，既有助于配合稅務局的征管或稽查活動，又有利于及時糾偏，有效管控涉稅風險，對此應有清醒的認識。
