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風險一：公司在進行資產重組公司存續分立情況下，把專利權等無形資產600萬元也開具了不征稅發票，錯誤享受了增值稅的優惠。
注意：
存續分立情況下，將所有其中部分實體資產以及與其相關的債權、負債和勞動力一并出售給其他個人和單位，只有2種資產不征稅，主要包括涉及到的貨物轉讓不征收增值稅、涉及到的不動產、土地使用權轉讓行為不征收增值稅。土地使用權以外的其他無形資產轉讓必須繳納增值稅，因此把專利權等無形資產600萬元也開具了不征稅發票，是錯誤的。
參考一：
《國家稅務總局關于納稅人資產重組有關增值稅問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第13號)規定，納稅人在資產重組情況下，通過合并、分立、出售、置換等方式，將所有其中部分實體資產以及與其相關的債權、負債和勞動力一并出售給其他個人和單位，不屬增值稅的征稅范圍，在其中涉及到的貨物轉讓，不征繳增值稅。
參考二：
根據《財政部國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）規定，在資產重組情況下，通過合并、分立、出售、置換等方式，將所有其中部分實體資產以及與其相關的債權、負債和勞動力一并出售給其他個人和單位，在其中涉及到的不動產、土地使用權轉讓行為。
風險二：公司在進行資產重組公司存續分立情況下，被分立企業和分立企業股東結構發生了改變，錯誤享受了土地增值稅的優惠。
注意一：
如果分立時將不動產轉移到分立后的企業時，在保持原股東不變的前提下，是不需要繳納土地增值稅的。但若是被分立企業和分立企業股東結構發生了改變，則不得享受了土地增值稅的優惠。
注意二：
在企業分立后仍保留原股東的前提下，即使股東之間的股權比例發生了變化，不影響土地增值稅優惠的享受。
參考：
根據《關于繼續實施企業改制重組有關土地增值稅政策的通知》（財政部稅務總局公告2021年第21號）第三條規定：“按照法律規定或者合同約定，企業分設為兩個或兩個以上與原企業投資主體相同的企業，對原企業將房地產轉移、變更到分立后的企業，暫不征繳土地增值稅。”
第八條規定，本公告所稱不改變原企業投資主體、投資主體相同，是指企業改制重組前后出資人不發生變動，出資人的出資比例可以發生變動；投資主體存續，是指原企業出資人必須存在于改制重組后的企業，出資人的出資比例可以發生變動。
風險三：公司在進行資產重組公司存續分立情況下，不符合特殊性稅務處理的條件，錯誤享受了企業所得稅的優惠。
注意：
在進行資產重組公司存續分立情況下，一定要注意2個重要的原則，一個是股權支付比例原則，還有一個是股權比例維持原則。
1、分立交易中涉及的股權支付金額低于支付總額的85%的。也就是說非股權支付金額高于交易支付總額的15%的。企業分立不符合特殊性稅務處理，不得享受企業所得稅的優惠。這個屬于股權支付比例原則。
2、被分立企業所有股東沒有按原持股比例取得分立企業的股權，也就是被分立企業所有股東應該在分立后均取得分立企業的股權，而不能是部分股東取得分立企業的股權，如果是部分股東取得分立企業的股權則不屬于分立的特殊性稅務處理，就應該按照一般性稅務處理進行企業所得稅的核算。這個屬于股權比例維持原則。
參考一：
根據《財政部國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）第五條企業重組同時符合下列條件的，適用特殊性稅務處理規定：
1、具有合理的商業目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的。
2、被分立企業所有股東按原持股比例取得分立企業的股權。
3、企業重組后的連續12個月內不改變重組資產原來的實質性經營活動。
4、被分立企業股東在該企業分立發生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%。5、企業重組中取得股權支付的原主要股東，在重組后連續12個月內，不得轉讓所取得的股權。
參考二：
根據《財政部國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）（以下簡稱“59號文”）第十一條規定，“企業發生符合本通知規定的特殊性重組條件并選擇特殊性稅務處理的，當事各方應在該重組業務完成當年企業所得稅年度申報時，向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合各類特殊性重組規定的條件。企業未按規定書面備案的，一律不得按特殊重組業務進行稅務處理”。
