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就目前的情況來說，稅務是跨境電商賣家非常容易被忽視的板塊。跨境電商賣家面臨的財稅不合格問題主要有三點：
1.絕大多數跨境電商賣家基本都是稅務零申報，收據還能通過私人帳戶，不清楚它有什么樣的風險。許多跨境電商賣家對公司的基本稅務管理了解很少。
2.盡管一部分工廠和貿易轉型的老板知道傳統的企業稅務問題，但是他們不知道該如何正確處理跨境電商的國外市場稅收和出口退稅。
3.一部分跨境電商老板自己也知道公司自身財稅有很多不符合要求的地方，但是不知道如何解決問題。如，外幣如何合法轉移到中國？公司如何記賬和申報納稅、如何為多家商店和公司的員工支付社保？
此外，一部分跨境電商公司不但經營不規范，還通過灰色渠道來節約公司的運營成本。盡管到目前為止還沒有被發現，但隱藏的炸彈對企業構成了很高的風險。
不同階段跨境電商賣家的財稅合規
1、發展起步不久的中小型賣家：各企業發展早期，盡量不要稅務零申報，多少要報些稅，然后把社保分到對應公司，以保證國內的正常運轉。同時，申請香港離岸公司，以及離岸賬戶。確保外匯資金收付問題。
2、已經初具規模，想融資貸款的中大型賣家：這個階段，重點在于做好財務方面的報表，完善統計，采購、發票采購、出口退稅、清晰訂單流、回款到對公賬號，四流合一問題。
3、準備上市的超級賣家：做資產清點，調整負債結構和股權架構、做好業務所在國的VAT申報。
很多跨境電商賣家為控制成本還會選擇節稅的做法，但比起節稅，防范稅務風險更應該引起重視，也就是說控制公司財稅風險比節稅更重要。公司完全可以利用稅收優惠政策來合法地減少稅負，但千萬不要逃稅。
很多跨境電商賣家認為合規就意味著虧錢。實際上是誤解，其實從長期看來，合規才能讓公司更好地發展！在越來越規范、合規的營商環境下，不合規的跨境電商將面臨賬號凍結的境地。
跨境財稅合規應該怎么做？
第一：資金流合規
1、公司賬戶收款：小微企業，月10萬免稅額度所得稅5個點。通過香港離岸賬戶收款，做境外投資備案，享受香港免稅政策。
2、公司賬戶付款：通過第三方支付機構付給供應商貨款。通過香港離岸賬戶付款給供應商的離岸賬號。
3、境外資金回流方式：注冊中國香港公司，用中國公司控制離岸公司。
第二：物流合規
據《關于跨境電商綜合試驗區零售出口貨物稅收政策的通知》顯示，對綜試區電子商務出口企業出口未取得有效進貨憑證的貨物，同時符合下列條件的，試行增值稅、消費稅免稅政策：
1、電子商務出口企業在綜試區注冊，并在注冊地跨境電商線上綜合服務平臺登記出口日期、貨物名稱、計量單位、數量、單價、金額。
2、出口貨物通過綜試區所在地海關辦理電子商務出口申報手續。
3、出口貨物不屬于財政部和稅務總局根據國務院決定明確取消出口退(免)稅的貨物。
