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增值稅抵扣是計算我們應繳納多少增值稅時的一個重要環節，國際上普遍采用稅款抵扣的方法是購進扣除法，也就是說首先根據銷售額計算出商品的銷項稅，再計算出購進商品所支付的進項稅，最后用銷項稅額減去進項稅額，就是增值部分應繳納的增值稅，我國也是采用這一方法，可以避免重復征稅。增值稅常見進項稅抵扣方法有三種：
一、憑票抵扣：(1)從銷售方或提供方取得的增值稅專用發票(含稅控機動車銷售統一發票)上注明的增值稅稅額;(2)從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅稅額;(3)從境外單位或者個人購進服務、無形資產或者不動產，為稅務機關或者扣繳義務人取得的解繳稅款的完稅憑證上注明的增值稅額。(4)兩種電子普通發票可以憑票抵扣進項稅，相當于專用發票的使用：收費公路通行費增值稅電子普通發票、國內旅客運輸電子普通發票。其他增值稅電子普通發票不可以憑票抵扣進項稅。
二、計算抵扣：(1)計算抵扣購進農產品的進項稅。購進方沒有取得增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書、完稅憑證，但可以自行計算進項稅額抵扣的情形——購進農產品，除取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上注明的農產品買價和9%計算進項稅額抵扣(納稅人購進用于生產或者委托加工13%稅率貨物的農產品，按照10%的扣除率計算進項稅額);(2)納稅人支付的橋、閘通行費，暫憑取得的通行費發票上注明的收費金額按照下列公式計算可抵扣的進項稅額：橋、閘通行費可抵扣進項稅額=橋、閘通行費發票上注明的金額÷(1+5%);(3)納稅人購進的國內旅客運輸服務不能取得專票或增值稅電子普通發票的，實行計算抵扣：航空旅客運輸進項稅額=(票價+燃油附加費)÷(1+9%)×9%;鐵路旅客運輸進項稅額=票面金額÷(1+9%)×9%;公路、水路等其他旅客運輸(如客運大巴)進項稅額=票面金額÷(1+3%)×3%
三、核定抵扣。自2012年7月1日起，在部分行業開展增值稅進項稅額核定扣除試點。這種方式在實際計算上體現出按照銷售實耗核定扣除。涉及行業：液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油。以購進農產品為原料生產銷售規定產品的增值稅一般納稅人，納入了農產品增值稅進項稅額核定扣除試點范圍，其購進農產品無論是否用于生產這些產品，增值稅進項稅額均按規定進行核定抵扣。
