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稅務稽查是稅款征繳管理方面工作的關鍵步驟和步驟，是稅務部門代表國家依規依法對經營者的繳稅實際情況開展常規檢查監管的一種形式。稅務稽查的重要依據是有著各種法律效力的各種稅收法規、法律規定及各種現行政策規定。主要包括平時稅務稽查、專項稅務稽查和專案稅務稽查。
1、準確把握稅務稽查職責，改變稅務稽查績效考核制度
確定稅務稽查職責定位，盡早轉變思想，創建正確的打擊型稅務稽查指導方針。一是由收入型稅務稽查向執法型稅務稽查轉變。由考核收入型向考核單個案件質量型轉化;二是由普查型稅務稽查向重點打擊型稅務稽查轉變。弱化稅務稽查的收入職責，以科學選案、規范查案、規范執法行為、依規依法稅務稽查為工作任務導向，推動稅務稽查執法水平的提升。三是著力抓好管理稅收管理性檢查與稅務稽查的銜接，向專業職責型稅務稽查轉變，重點突出稅務稽查的打擊懲處功能，維護稅收法律尊嚴。
2、完善一級稅務稽查模式，實現稅務稽查機構的專業系統化
一級稅務稽查的模式是稅收稅收管理改革進程中的一種體制改革，重點突出大要案的常規檢查。專業系統化是指由稅務稽查機構負責專案稅務稽查工作任務，平時稅務稽查、專項稅務稽查劃歸管理部門負責，如此一來有助于實現稅務稽查的專業系統化、規范性，提升稅務稽查工作效能。從體制上改變現階段多頭稅務稽查、重復稅務稽查的現象，減少地方政府的干預，保證稅務稽查工作任務執法的嚴肅性。
3、提升選案科學性，創建選案積分制
可以借鑒國外比較成熟的選案方法，綜合經營者的收入、利潤、稅款變動實際情況、經營者異常行為、未被稅務稽查時間長短等各方面因素，按一定的計分標準，常年滾動給經營者計分，當經營者的積分超過既定的界限時，列入案源庫。通過這種方法開展選案，可以更加客觀、動態地反映經營者遵守稅收法律的狀況，避免多重標準選案造成的多頭稅務稽查、重復稅務稽查問題。
4、創建規范性、標準化管理的稅務稽查工作方法，強化案件證據的規范性
創建一整套的稅務稽查工作方法和思路，利用案例式的方法，對一種稅收違規違法行為的查處，創建證據規范的體制，強化稅務稽查人員的取證意識，使取得的證據能直接為處理結果服務。
5、創建信息傳遞機制，提升信息化管理應用水平
稅務稽查的信息化管理，就是要在稅務稽查工作中貫徹“科技加管理”的方針，目的是實現稅務稽查工作任務的科學、規范、高效。一是加快創建規范統一、功能完善信息系統。由國稅總局結合稅收管理軟件的建設規劃抓緊開發統一的、有著良好兼容性和功能齊全的稅務稽查軟件，可以為稽查員帶來相關法律法規查詢、稅務稽查案例剖析、稅務稽查技能培訓等多方面的資訊服務。二是大力開發現有的計算機資源，創建國、地稅合用稅務稽查協查系統，使“四小票”的協查工作任務能上機操作，確保稅務稽查質量;創建國、地稅稅務稽查處理信息網上傳遞制度，確保稅務稽查結果。
6、創建案件公示制，發揮警示教育作用
公示制度一方面可以使稅務稽查行政透明化，維護經營者合法權益，強化稅務稽查案件有關人員的責任，強化公眾的監管，促進規范稅務稽查行為，另一方面也是對違法經營者的懲戒，有助于提升稅務稽查的威懾作用，稅務稽查機關應當對每一個大要案都開展公示。
7、創建稽查員培訓制度，最終實現稽查員的等級制
一切工作任務都需要靠人來完成，現有的稅務稽查人員都是從過去稅收管理一線上來的，雖然熟悉稅款實際情況，但稅務稽查是一個復雜的涉及方面比較廣的工作任務，它涉及到財會、管理、法律、工商、計算機軟件等各個方面，而這此人才也是現階段各級稅務部門比較緊缺的人才，所以，從現階段來說，要引進專業性人才，并加強現有稽查員的培訓，推行自愿式的等級考試，提升稽查員的綜合素質，練出一支支稅務稽查“精兵”。對達到一定等級的稽查員，以省為單位，以稅務稽查個案為標準開展配備使用。
