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醫藥行業的稅收優惠和稅收規范文件多，稅務風險高，打擊力度大，稅務風險防范對醫藥企業發展非常重要。
醫藥行業稅務風險內嵌于采購、生產、銷售三大環節，在每一個風險控制點都要給予足夠的關注。同時，醫藥企業分為藥品生產企業和藥品經營企業兩大類，某些醫藥集團也存在產銷合一的運營模式，在稅務風險管理時既要關注制藥和銷售的區別，也要關注其聯系。
醫藥行業如何規避采購過程的稅務風險？
一、采購過程的稅務風險
對于藥品生產企業，原料采購是極其重要的一個環節，也是稅務風險高發區域。對于藥品經營企業，隨著“兩票制”等政策的推行，原有的采購過程稅務管理模式需要進行相應的調整，也帶來了一定的稅務風險。
1．農產品收購發票規范抵扣。
在原料采購過程，對于中藥飲片加工、中成藥制造、疫苗生產等企業，因為農產品原材料需求較大，在采購過程容易產生稅務風險。《增值稅暫行條例》規定，購進農產品，除取得增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書外，按照農產品收購發票或者銷售發票上注明的農產品買價和13%的扣除率計算進項稅額。
針對這一政策規定，存在兩項稅務風險，其一，農產品收購發票僅限于收購單位向農業生產者個人收購免稅農產品開具，從單位生產者（包括個體工商戶）中購進原材料，必須取得增值稅專用發票或者海關繳款書，才能允許抵扣。企業在開具發票時，需要重點關注發票開具對象，在企業內部設立受票方審核及采購產品審核的環節，只有直接從事植物種植、收割和動物飼養、捕撈的單位和個人，才可以向其開具農產品收購發票；并且采購的農產品必須是農業生產者自產且免稅的產品，如果該農產品也是經轉手再銷售的，在發票開具上需要有新的考慮。
其二，收購發票由收購企業自行開具，企業可能會出于避稅的目的，收購過程中發生的人工費、運保費、裝卸費等都有可能計入收購價格中，試圖提高收購價格以多抵扣進項稅額。這樣的做法已經不屬于“避稅”的范疇，存在偷稅漏稅的嫌疑，切忌踏入雷區。
2．“公司+農戶”經營模式稅收優惠謹慎適用。
其一，在公司所得稅方面，國家稅務總局明確采取“公司+農戶”經營模式、從事農、林、牧、漁業項目生產的企業，可以享受減免企業所得稅優惠政策。具體在醫藥企業，從事中藥材種植、獸醫服務等所得可以免征公司所得稅。
其二，增值稅方面，增值稅暫行條例及其實施細則規定，從事種植業、養殖業、林業、牧業、水產業的農業生產者銷售自產的初級農產品免征增值稅。但納稅人采取“公司+農戶”模式是否適用該政策，沒有明文規定。在相關政策沒有明文規定的情況下，企業采用“公司+農戶”經營模式進行增值稅免稅籌劃，存在稅務風險。
3．“兩票制”下稅務風險管理方式改變。
“兩票制”是壓縮藥品流通環節的一項政策，具體指生產企業到流通企業開一次發票，流通企業到醫療機構開一次發票。
“兩票制”推行之前，藥品從制藥企業到醫療機構（即用藥消費者）要經歷多級分銷商進行流通，稅務方面的問題主要表現為流通層級多，發票開具鏈條過長，企業以控制成本為名，利用中間分銷商“過票”和“倒買倒賣發票”的亂象。2017年初“兩票制”試點推行后，購銷流程縮短，且隨著行業的規范，一些專門為了“過票”而設立的公司逐漸減少，藥品流通企業需要清晰自己的行業定位，進行業務整合，將原來行走在合規邊緣的業務剝離出去，減輕稅務風險。在發票管理方面，對采購過程取得的進項稅發票要進行甄別，嚴防不合規票據，對采購人員進行合規性培訓，避免內外勾結，出現真發票假業務的情況。
